История казначейских органов в Оренбургской области после принятия Указа Президента РФ от 08.12.1992 № 1556 продолжалась с создания в 1993-1994 годах Управления и 39 отделений.

С сентября 1994 года Управлению предоставлено право и доверено осуществление операций со средствами федерального бюджета на территории Оренбургской области.

В феврале 1995 года создано Бузулукское отделение. В марте 1995 года Управление и отделения приступили к учету доходов федерального бюджета и распределению регулирующих налогов между бюджетами разных уровней.

В 1997 году открыты лицевые счета в органах Федерального казначейства по Оренбургской области и созданы отделения по Северному и Южному административным округам города Оренбурга.

Для финансирования частей и подразделений Приволжского военного округа и силовых структур в апреле 1998 года образован отдел финансирования вооруженных сил, правоохранительных органов и сил обеспечения безопасности государства. С этого же времени Управление одним из первых в России приняло участие в эксперименте по финансированию воинских частей и подразделений Приволжского военного округа.

В 1999 году на территории Тоцкой дивизии открыт филиал отделения по Тоцкому району. В феврале 1999 года Минфином России территориальным органам Федерального казначейства предоставлено право защищать интересы казны России и выступать от его имени в судах.

Приказом Управления от 21 июня 2000 года № 124-П создано отделение ЗАТО пос. Комаровский.

В апреле 2001 года комиссией Федерального казначейства проведена комплексная документальная проверка Управления.

В 2002 году в Управлении централизован учет поступлений в бюджетную систему Российской Федерации и их распределение между бюджетами на едином казначейском счете № 40101.

В течение 2003 и 2004 годов осуществился переход Управления на единый казначейский счет № 40105.

В 2005 году в Управлении и отделениях были открыты лицевые счета получателям средств областного бюджета и 613 муниципальных образований для осуществления кассового обслуживания их исполнения. Денежные потоки областного и местного бюджетов аккумулированы на единых казначейских счетах № 40201 и 40204. В ноябре 2005 года заключены договора по взаимодействию Управления с клиентами через ППО «СЭД». Первыми клиентами, перешедшими на систему электронного документооборота, были Государственное образовательное учреждение «Оренбургский государственный университет» и Минфин Оренбургской области. В декабре 2005 года изменена организационно-штатная структура Управления. В связи с отменой функций последующего контроля в бюджетных организациях отдел контрольно-аналитической работы переименован в отдел внутреннего контроля.

С января 2006 года в Управлении и отделениях введено ППО «Центр-КС». С сентября 2006 года начал действовать сайт Управления Федерального казначейства по Оренбургской области. В июле 2006 года учет операций со средствами, поступающими во временное распоряжение федеральных учреждений, осуществляется на едином счете № 40302, открытом Управлению.

В январе 2007 года создан отдел ведения федеральных реестров с целью выполнения государственных функций по ведению сводного реестра главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета и реестра государственных контрактов, заключенных от имени Российской Федерации по итогам размещения заказов. В июне 2007 года под председательством заместителя руководителя Федерального казначейства С.Е. Прокофьевым с участием начальника Операционного Управления Федерального казначейства Гришиным Д.С. в Управлении проведен семинар на тему «Вопросы совершенствования системы ведения реестра государственных контрактов, заключенных от имени Российской Федерации». В 2007 году комиссией Федерального казначейства проведена комплексная документальная проверка Управления. В октябре 2007 года централизованы на уровне Управления безналичные операции по учету средств, полученных федеральными бюджетными учреждениями от предпринимательской и иной приносящей доход деятельности, на едином счете № 40503. С ноября 2007 года на территории Оренбургской области начали функционировать 9 центров правового сопровождения деятельности отделений.

В 2009 году Управление и отделения перешли на новый порядок открытия и ведения лицевых счетов и порядок кассового обслуживания исполнения федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации и местных бюджетов.

В начале 2010 года впервые составлена карта показателей результативности деятельности Управления за 2009 год. С июля 2010 года Управление и отделения перешли на новое прикладное программное обеспечение «АСФК».

Начиная с 2011 года, на уровне Управления централизована бюджетная отчетность по исполнению бюджетной системы Российской Федерации. В апреле 2011 года проведена оптимизация органов Федерального казначейства Оренбургской области в форме присоединения к Управлению 20 отделений. Исполняющей обязанности руководителя Управления в июне 2011 года назначена руководитель Бузулукского отделения Л.Б. Арцыбашева.